临床分子生物学亚专业是重庆市最早建立的分子生物学实验室之一，2004年通过国家卫健委临床基因扩增实验室验收；2010年通过国家卫健委临床基因扩增实验室复评审；2013年通过重庆市二类医疗技术验收。实验室现有工作人员8名，正高1名，副高4名，博士3名，硕士3名，硕士生导师3名。

临床分子生物学亚专业拥有先进的分子诊断设备，如实时荧光定量PCR仪、全自动核酸提取系统、液态芯片系统、基因分析仪、流式细胞分析仪、一代测序仪和高效液相质谱仪等。现开展检测项目共45项，检测项目涉及多个领域，包括病原微生物、移植配型、药物基因、精准医疗等，其项目有HBV-DNA定量与基因分型、HBV耐药突变分析、HCV-RNA定量与基因分型、感染性性疾病相关病原体DNA检测、HCMV-DNA定量、EBV-DNA定量、人HLA基因分型、HPV分型检测、药物相关基因检测、宫颈癌相关基因甲基化检测，为疾病预防、诊断、治疗方案确定和疗效判断提供帮助。 

近年来获得国家自然科学基金、教育部重点课题、重庆市自然科学基金等多项研究课题，在SCI和国内核心期刊上发表研究论著数十篇。指导本科同学获得重庆医科大学优秀毕业论文，指导本科生发表SCI论文1篇。获国家发明专利1项。参编专著2部。作为教学单位承担了住院医师规范化培训及进修生的培训和指导。

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