为满足我院疑难、重症、少见感染性疾病诊断需求，医学检验科临床微生物组2022年8月起陆续开展院内病原宏基因组测序、病原宏转录组测序项目，并根据临床需求开展病原微生物靶向基因组及转录组测序项目，个性化满足临床诊疗需求。

 项目自开展以来，陆续辅助临床诊断了杜氏利什曼原虫、布氏锥虫、汉坦病毒、嗜肺军团菌、鹦鹉热衣原体、荚膜组织胞浆菌、耶氏肺孢子菌、刚地弓形虫等少见病原感染；及时准确报告动物源性禽流感甲型流感病毒H5N6，协助疾控部门及时查找控制感染源；并显著提升了结核分枝杆菌、曲霉菌等难培养病原的阳性检出率和报告时限，有效辅助了我院疑难、重症、少见病原感染的早期、精准诊断。2023年度高分通过国家卫健委临检中心病原宏基因组测序室间质评，保证结果的准确可靠，且检验样本已辐射至重庆市其他医院。并以此检测项目为基础，成功牵头申报国家科技部重点研发项目“超多重病原体核酸即时检测系统研发（2023YFC2412900）”，获得了较好的经济效益、社会效益、科研产出。