重庆医科大学附属第一医院胃肠外科创建于1957年，集医疗、教学、科研为一体，在西南地区处于领先地位。2000年由重庆市卫生局批准为重庆市胃肠外科疾病治疗中心；2012年普外科（含胃肠外科）成为国家临床重点专科；2013年成为重庆市普通外科（含肝胰小肠移植）医疗质量控制中心；同年，国家卫生健康委正式授予“重庆市微创外科手术培训基地”。2019年，成立重庆市胃肠外科联盟，担任联盟理事长单位。科室为重庆多个协会胃肠外科牵头单位，包括重庆抗癌协会理事长、重庆医院协会外科管理专委会主任委员、重庆抗癌协会（胃癌、胃肠间质瘤、腹膜癌）3个专委会主任委员、重庆医学会外科分会胃肠学组组长、重庆医师协会结直肠肿瘤专委会主任委员等。科室现有三个病区，开放床位210张，为重庆市规模最大的胃肠外科诊疗中心，年手术量4300余台，年胃肠肿瘤（胃癌、结直肠癌）手术2000余台，年减重手术200余台，均居重庆首位，肛直肠良性疾病600余例，微创手术率>90%。

科室相关的特色诊疗包括：腹腔镜消化道肿瘤手术（胃癌、结肠癌、直肠癌、胃肠道间质瘤）、3D腹腔镜手术、达芬奇机器人微创手术、腹部外科疑难病诊疗、炎症性肠病外科治疗、腹腔/腹膜后巨大肿瘤切除术、胃肠道肿瘤介入治疗、胃食管反流及食管裂孔疝微创手术治疗、胃肠道内镜下微创手术、肥胖及2型糖尿病综合治疗、规范化胃肠道间质瘤综合治疗、胃肠动力检测（食道测压、食道PH检测，肛门直肠测压）、肛肠疾病手术治疗等疾病的诊疗。对胃肠道肿瘤的早期诊断、胃肠肿瘤术式的选择、直肠癌的低位保肛术式等具有丰富的诊疗经验。率先在重庆市开展腹腔镜结直肠手术及腹腔镜胃手术，直肠癌保肛率位居国内前列。2016年，我科开展首台腹腔镜辅助下经腹经肛全直肠系膜切除术（Ta-TME），显著提升了中低位直肠癌病人的保肛率，开启了重庆市直肠癌超低位保肛的新篇章。2021年开展了针对胃肠道肿瘤转移性腹膜癌的腹腔热灌注化疗，为多学科的胃肠道肿瘤、妇科肿瘤、肝胆肿瘤等晚期肿瘤病人提供了有效的治疗手段。针对进展期胃癌开展了包括手术治疗、介入化疗栓塞、免疫治疗的综合治疗手段。在综合治疗模式的基础上，初始不可切除的胃癌整体转化率高，大量就诊时无手术机会的病人在转化治疗后缓解甚至完全缓解。2013年，重庆首个胃肠间质瘤专病门诊在我院开设。2018年，重庆抗癌协会胃肠间质瘤专业委员会成立，我科为首届主任委员所在单位。单中心近1000位胃肠间质瘤患者的生存期及生活质量均达到国际领先水平。同时，率先在重庆市开展了肥胖及2型糖尿病综合治疗门诊，并设置减重代谢外科亚专业方向，在重庆地区开展针对肥胖的外科治疗，尤其擅长治疗合并多种并发症的超级肥胖（BMI＞50）患者。2023年通过国家卫健委“减重代谢外科” 规范化建设与质量提升项目审核（重庆唯一）。胃肠外科拥有独立的内镜中心，内镜中心在胃肠道超微创手术方面，技术力量位于重庆前列。此外，还开展食道测压、食道24小时PH检测，肛门直肠测压，针对胃肠动力障碍性疾病有精确的检测方式。在此基础上开展针对胃食管反流、食管裂孔疝的外科治疗，有效地解决了内科治疗的难点。对于腹腔、腹膜后巨大肿瘤，特别是侵犯周围脏器的情况，被多数医院视为手术的禁区；自2010年起，我科共开展腹腔、腹膜后巨大肿瘤切除术约400余台，达到国内领先水平。

现有科室医生37人，其中教授13人，副教授9人，博士研究生导师2人，硕士研究生导师15人，博士15人，博士后8人，9人海外留学经历，科室具有硕士、博士学位授予权。主编国家级5+3教材《消化系统疾病》，近5年获得国家级继教项目6项，市级10项，教学论文多篇。近5年获得课题总计28项，累计经费945万，国家自然科学基金3项，重庆市各项课题25项。近5年发表SCI论文150余篇，10分以上论文2篇，5分以上24篇。同时参与多项临床RCT研究，参与临床研究17项，在研10项；其中I期4项，新型发明及实用专利8项。科室在胃肠道肿瘤微创手术、机器人手术、胃肠间质瘤诊治、大肠癌多学科MDT诊治、代谢性疾病手术等方面达到西南领先水平。通过举办国际性学术会议、微创手术巡演及培训、手术转播等方式，年均接收全国各地区进修医护人员20名以上，加强了在区域范围内的辐射作用。