神经内科是西部地区最早的一级学科博士学位授位点，1995年设博士后流动站。1990年11月由四川省教委批准成立神经病学研究所，1991年由傅雅各教授任所长，1996年董为伟教授任所长。1996年被批准成为四川教委重点学科；1997年由国家食品药品监督管理局批准设立神经病学国家药品临床研究基地。1999年成为首批重庆市医学重点学科，并相继建成重庆市医学重点实验室、重庆市高校重点实验室和重庆市省部级神经生物学重点实验室，2007年成为我国西部地区唯一的教育部神经病学国家重点学科（全国仅6家）；2009年获批重庆市神经内科医疗质量控制中心；2010年底被批准为卫生部“脑卒中筛查及防治基地”。2012年获批国家卫健委国家临床重点专科建设项目；2014年通过国家卫健委脑损伤质控评价中心验收，成为重庆市首批国家脑死亡判定质控合格单位。2018年获批重庆市脑损伤评估质量控制中心。2019年获批国家卫健委功能性脑疾病诊治重点实验室。2021年获批重大神经精神疾病重庆市重点实验室。近年来学科科技量值稳居中国医院科技影响力排行前十，稳定获得复旦专科声誉排行榜全国提名。

重医附一院神经内科已形成“一院三区”协同发展新格局，现有开放床位248张，其中重症监护室床位21张。埠外病人范围涵盖全国20多个省市自治区。学科临床亚专业设置齐全，其脑血管病、癫痫、感染及神经免疫、神经肌肉疾病及神经心理等亚专业在国内处于领先地位。神经内科造就和培养了一大批神经病学领域的医疗、教学、科研高端人才，形成了具有雄厚实力的学术队伍。学科带头人和中青年学术骨干在全国学术团体中占有重要席位，包括教育部学位评定委员会委员、全国医师定期考核神经内科专业编辑委员会主任委员、原中华医学会神经病学分会副主任委员、中国医师协会神经内科医师分会会长、中华医学会神经病学分会癫痫与脑电图学组副组长、中华医学会神经病学分会神经免疫学组、运动障碍学组、痴呆学组委员，中国医师协会神经内科医师分会脑血管疾病、癫痫、疼痛与感觉专委会副主任委员等重要学术任职。现有教授19人、副教授20人、讲师8人；博士生导师11人、硕士生导师30人。有“973”首席科学家1人，全国创新争先奖1人，百千万人才工程1人，国家卫生健康委突出贡献的中青年专家4人，国家优青1人，国家卫健委脑防委突出贡献专家1人；获国务院政府特殊津贴8人，中国科协青年人才托举工程3人。牵头开展国家重大（点）项目7项，成果发表《新英格兰医学杂志》及《柳叶刀》等顶级医学期刊，改写了国际国内相关诊疗指南。获国家科技进步二等奖、三等奖各2项。