我科长期从事抗寄生虫病新药基础与临床研究、寄生虫病疫苗研究，在国内较早建立了肺孢子虫病的动物模型，制备了抗卡氏肺孢子虫的单克隆抗体，并建立了快速检测卡氏肺孢子虫的方法。探索了青蒿素衍生物、白果内酯、瑞香素等中药成分抗卡氏肺孢子虫的作用，从分子水平阐明这些中药成分对肺孢子虫膜系超微结构、基因结构的影响作用，开辟了中药抗寄生虫研究的新领域。在国内率先进行疟原虫DNA疫苗研究，首先从恶性疟原虫FCC-1/HN株基因组DNA中扩增出环子孢子蛋白（CSP）基因，成功构建了重组表达质粒pBK/CSP即恶性疟原虫CSP基因DNA疫苗，并在小鼠模型体内实验证实该疫苗可诱导细胞免疫应答和体液免疫应答，为疟疾DNA疫苗进一步研究提供理论和实验依据。

随着时代的变迁，疾病谱的变更，寄生虫类疾病的发病率逐渐下降，但AIDS、粒细胞缺乏合并感染等存在免疫缺陷的疾病在临床上日渐增多，往往在病原诊断上比较棘手，我科拟以我校“重庆市分子医学诊断中心”为依托，我院临床微生物和P2实验室为补充，打造辐射中国西部地区的“免疫缺陷相关感染分子医学诊断平台”，将分子生物学重组抗原、单克隆抗体、胶体金标记快速免疫检测等技术有机结合在一起，建立HIV、病毒性肝炎、PCP、隐球菌感染、耐药结核、隐孢子虫感染、弓形体病、H7N9禽流感、甲流 、SARS、霍乱、登革病毒等重大传染性疾病特异性、快速高效及应急检验技术平台。