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新发传染病
本亚专业多次作为组长单位参与国家、重庆市和黑龙江新发传染病的防控及救治工作。六十年来，全国和重庆市历次重大传染病的防治领导单位都设在我科，相应救治专家组的组长和主要顾问都是由我科专家担任，突出的救治能力经受住了2003年SARS防控、2004年猪链球菌感染、2008年5.12汶川大地震伤员气性坏疽处置、2009年重症甲型H1N1流感、2017年H7N9人感染禽流感等各种公共卫生突发事件的重大考验。在2020年突入起来的新冠疫情中，以李用国教授领衔的感染科队伍在包括黑龙江、重庆和湖北在内的多个一线战场发挥了重要的作用。
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不明原因发热
我科从20世纪50年代建科开始一直注重不明原因发热这一内科疑难杂症的重点亚专业方向建设，现我科设置40张床位收治不明原因发热，近年来收治重庆市及周边地区如贵州、四川等大量不明原因发热疑难患者，并且最终明确一系列发热的罕见疾病的诊断如慢性活动性EB病毒感染、家族性周期性发热、人猪链球菌脑膜炎、播散型组织胞浆菌病、片形吸虫病等，获得患者及国内同行一致认可。 2015年我科成功申请了重庆市科委社会事业与民生保障科技创新专项，不明原因发热诊治技术规范的建立与推广应用，以该项目为基础，我科与重庆各社区医院、二级医院、三级医院全方位合作，帮助和提高各医疗单位对不明原因发热的诊治能力和水平，同时优化了不明原因发热人群就医效率，极大提高群众健康获得感，取得了良好的社会经济效应。 复旦大学华山医院张文宏教授团队为国内不明原因发热的临床及科研顶尖团队，我科与复旦大学华山医院历史渊源深厚，长期与张文宏教授团队密切合作，李用国教授与张文宏教授长期开展不明原因发热疑难病例讨论、远程会诊、学术会议及科研合作，让我科不明原因发热诊治团队在国内感染病领域处于领先地位。
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耐药菌与重症感染
我科负责全院25个临床科室有关细菌感染、细菌耐药及抗生素使用方面的会诊（会诊量高达1万人次以上/年），及时对医院各科室出现的耐药菌指导其采取隔离措施及治疗手段，降低了感染病人死亡率及院内感染发生率、多重耐药菌发生率，有效控制了院内感染发生。我院CRE发病率明显低于其他地区。 抗生素研究室与传染病寄生虫病实验室拥有总价值500万元的大型精密仪器，主要包括：细菌学实验室、DNA和蛋白电泳系统、Western 印迹仪、凝胶图象分析系统、超声粉碎仪、荧光分光光度计、超速离心机、PCR仪等。菌种库保存了6千多株细菌，还拥有重庆市唯一的标准P2生物安全实验室，深入开展了多项多重耐药细菌的致病和耐药机制研究。 本亚专业病床35张，另外，我院的院感科主要成员皆由我科医生担任，对指导全院耐药菌的诊治和预防工作起到了很大作用。王其南教授自70年代初开始在中国开展抗感染药物的临床药理研究，感染病科1981年成为国家首批抗感染药理基地。本专业将细菌感染的临床-微生物检验-临床药理3者整合在一起，极大地提高了多重耐药菌感染的诊断准确率和治疗成功率。这种先进的抗感染治疗模式在国内处于领先水平。对四川、贵州、重庆等20余家医院感染科开展长期的医疗支援和帮扶建设。指导细菌监测、抗生素使用等。近年来学科作为主要单位主办、承办或参与包括国家继续教育、卫生部推广计划、中华医学会感染分会等达20次以上。
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肝炎与肝病
科学规范病毒性肝炎的诊断，即临床诊断＋病原学诊断＋组织病理学诊断。我科已相继开展HBV-DNA、HCV-RNA超敏检测以及其它肝炎病毒、嗜肝病毒的高灵敏血清学检测、HBV基因型及耐药基因检测、HCV基因型检测、肝脏超声及其引导下自动肝穿刺活检术、肝脏瞬时弹性成像等诊断技术；同时正在积极与科研检验机构和放射科合作，探索HBV-pgRNA、HBV-HBcrAg、HCV-RASs检测操作流程的标准化，评估MRI成像与肝脏炎症、纤维化之间的相关性及其在未来无创诊断中价值，搭建病毒性肝炎（尤其慢性乙肝、丙肝）多学科诊断平台。 我科于2007年在全市率先开设脂肪肝门诊，2014年中华医学会授予并成立重庆市脂肪肝诊治中心。通过详细病史采集、危险因素筛查、其它肝病排除、内分泌代谢检测、影像学及病理学等多重手段，实现脂肪肝的高确诊率，避免了漏诊和误诊。 在肝硬化抗病毒、肝功能储备评估、并发症防治等方面具有显著优势，形成了抗病毒和抗纤维化并举、并发症预防与治疗并重、优势项目联合多学科协作的临床治疗格局。我科长期开展腹水浓缩回输、人工肝支持系统等常规治疗技术，肝病亚专业组在肝硬化多学科治疗中发挥联络核心作用，通过与消化内科、肝胆外科长期协作，初步建立起关于食管胃静脉曲张出血防治的内镜干预、难治性腹水或消化道出血的TIPS或门体分流术、终末期肝病肝移植等一整套全程防治方案和并发症处理流程；我科还积极参与中西医结合肝病治疗，通过长期合作探索中医药在抗肝纤维化过程中的药理机制与临床价值；此外，突出营养支持在肝硬化治疗过程中的重要作用，通过与营养科密切合作，将营养支持贯穿至肝硬化治疗的整个过程。 我科在肝衰竭治疗过程中不断总结并完善内科综合治疗方案，在积极抗病毒、减轻炎症、血浆治疗基础上，围绕肝细胞再生、免疫功能调节、并发症防治等几个方面积极开展科学研究与临床实践，注重肝脏损伤与机体代偿互动、因果交替、局部与整体之间的关系，取得了较好的效果。
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寄生虫病
我科长期从事抗寄生虫病新药基础与临床研究、寄生虫病疫苗研究，在国内较早建立了肺孢子虫病的动物模型，制备了抗卡氏肺孢子虫的单克隆抗体，并建立了快速检测卡氏肺孢子虫的方法。探索了青蒿素衍生物、白果内酯、瑞香素等中药成分抗卡氏肺孢子虫的作用，从分子水平阐明这些中药成分对肺孢子虫膜系超微结构、基因结构的影响作用，开辟了中药抗寄生虫研究的新领域。在国内率先进行疟原虫DNA疫苗研究，首先从恶性疟原虫FCC-1/HN株基因组DNA中扩增出环子孢子蛋白（CSP）基因，成功构建了重组表达质粒pBK/CSP即恶性疟原虫CSP基因DNA疫苗，并在小鼠模型体内实验证实该疫苗可诱导细胞免疫应答和体液免疫应答，为疟疾DNA疫苗进一步研究提供理论和实验依据。 随着时代的变迁，疾病谱的变更，寄生虫类疾病的发病率逐渐下降，但AIDS、粒细胞缺乏合并感染等存在免疫缺陷的疾病在临床上日渐增多，往往在病原诊断上比较棘手，我科拟以我校“重庆市分子医学诊断中心”为依托，我院临床微生物和P2实验室为补充，打造辐射中国西部地区的“免疫缺陷相关感染分子医学诊断平台”，将分子生物学重组抗原、单克隆抗体、胶体金标记快速免疫检测等技术有机结合在一起，建立HIV、病毒性肝炎、PCP、隐球菌感染、耐药结核、隐孢子虫感染、弓形体病、H7N9禽流感、甲流 、SARS、霍乱、登革病毒等重大传染性疾病特异性、快速高效及应急检验技术平台。
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