第三代测序技术是指单分子实时测序技术，也叫从头测序技术。与前两代测序技术相比，其最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增，实现了对每一条DNA/RNA分子的单独测序。其测序原理是纳米孔测序技术，是基于电信号的单分子实时测序技术，可以直接读取DNA/RNA分子双链。在测序过程中DNA/RNA双链首先与马达蛋白酶连接并与镶嵌在生物膜上的纳米孔蛋白相结合并解螺旋，蛋白酶马达通过纳米孔控制DNA/RNA双链的移动，位移过程中电流波动的信号被捕获，通过算法计算转换成可识别的碱基序列，完成实时测序。

三代测序基于其单分子检测与长读长测序的特点，在基因组结构变异、短串联重复/微卫星、单体型分析、真假基因区分、甲基化检测等相关的检测中具有独到的优势。科室目前已经运用第三代测序进行靶向病原微生物检测（tNGS）、基因组甲基化检测等相关表观遗传学检测，可为临床诊断、治疗提供参考，也为临床科学研究提供重要平台。